أنشئ قسم الأحياء عام 1392/ 1393هـ، كأحد أقسام كلية التربية بجامعة الملك عبدالعزيز (فرع مكة المكرمة). وفي شهر شعبان من العام 1401هـ تحقق حلم أبناء مكة المكرمة بصدور الأمر السامي بإنشاء جامعة أم القرى، واعتماد ميزانية خاصة لها اعتباراً من 01/01/1402هـ، حيث أنشئت كلية العلوم التطبيقية والهندسية كإحدى أوائل الكليات التي أنشئت بعد صدور قرار إنشاء جامعة أم القرى.